Calculs de paillasse en biologie moléculaire. Chaque outil affiche ses hypothèses ; le mélange PCR calcule les volumes à partir des concentrations de votre propre protocole validé.
Dosage d’ADN ou d’ARN par absorbance (A260)
Concentration (ng/µL = µg/mL), quantité totale et rapports de pureté A260/A280 et A260/A230.
Formule
Concentration (ng/µL) = A260 × facteur (50, 40 ou 33) × dilution
Quantité (ng) = concentration × volume (µL).
Unités
1 ng/µL = 1 µg/mL. Absorbance pour un trajet optique de 1 cm (les microspectrophotomètres la normalisent).
Exemple
ADN double brin, A260 = 0,5 sur une dilution au 1/10 : 0,5 × 50 × 10 = 250 ng/µL ; 50 µL contiennent 12 500 ng.
Limites
- Repères de pureté : A260/A280 ≈ 1,8–1,9 (ADN) et ≈ 2,0–2,1 (ARN) ; A260/A230 ≈ 2,0–2,4. Ils dépendent du pH et du tampon.
- L’absorbance ne distingue pas ADN, ARN et nucléotides libres ; une méthode fluorimétrique est plus spécifique.
Références
Formule vérifiée par rapport aux références ci-dessus le 12 octobre 2026.
Dilution d’un extrait d’ADN ou d’ARN
Volume d’extrait et de diluant pour obtenir une concentration cible (ng/µL) dans un volume final.
Formule
Volume d’extrait = concentration cible × volume final / concentration de l’extrait ; diluant = volume final − volume d’extrait.
Unités
ng/µL et µL.
Exemple
Extrait à 250 ng/µL, cible 10 ng/µL dans 100 µL : prélever 4 µL et ajouter 96 µL de diluant.
Limites
- Un volume d’extrait inférieur à 1 µL est peu précis : prévoir une dilution intermédiaire.
- Diluer dans le tampon recommandé par le protocole (eau sans nucléase, TE…).
Références
Formule vérifiée par rapport aux références ci-dessus le 12 octobre 2026.
Nombre de copies d’ADN double brin à partir de la masse
Nombre de copies d’un fragment ou d’un plasmide d’ADN double brin à partir de sa masse et de sa longueur.
Formule
Masse molaire (g/mol) = pb × 617,96 + 36,04
Copies = masse (g) / masse molaire × 6,022 × 10²³
Unités
Masse en ng ; longueur en paires de bases.
Exemple
1 ng d’un fragment de 3 000 pb : 10⁻⁹ / (3 000 × 617,96 + 36,04) × 6,022 × 10²³ = 3,25 × 10⁸ copies.
Limites
- Hypothèses : ADN double brin, composition moyenne en bases, masse mesurée exacte. Ne s’applique pas tel quel à l’ARN ni à l’ADN simple brin.
Références
Formule vérifiée par rapport aux références ci-dessus le 12 octobre 2026.
De l’éluat à l’échantillon : copies/mL
Copies/mL dans l’échantillon de départ à partir des copies par réaction, des volumes de matrice, d’élution et d’échantillon extrait.
Formule
Copies/µL d’éluat = copies par réaction / volume d’éluat dans la réaction
Copies/mL d’échantillon = copies/µL d’éluat × volume d’élution (µL) / volume extrait (mL)
Unités
Volumes en µL (éluat, élution) et mL ou µL (échantillon).
Exemple
500 copies dans 5 µL d’éluat, élution 60 µL, 0,2 mL extrait : 100 copies/µL × 60 / 0,2 = 3,00 × 10⁴ copies/mL.
Limites
- Hypothèses explicites : rendement d’extraction de 100 %, aucune autre dilution, volumes exacts.
- Un laboratoire rend ses résultats selon sa méthode validée (étalonnage, unités internationales) : ce calcul ne s’y substitue pas.
Références
Formule vérifiée par rapport aux références ci-dessus le 12 octobre 2026.
Mélange réactionnel PCR (selon votre protocole)
Volumes par réaction et volume total de mélange à partir des concentrations mères et finales de votre protocole.
Formule
Volume par réaction = concentration finale / concentration mère × volume réactionnel
Eau = volume réactionnel − matrice − somme des composants ; total = volume par réaction × réactions × (1 + excès).
Unités
Volumes en µL ; pour chaque composant, concentration mère et finale dans la même unité.
Exemple
Exemple de saisie (concentrations à remplacer par celles de votre protocole) : réaction de 25 µL dont 5 µL de matrice, 10 réactions + 10 % d’excès : 20 µL de mélange par puits, 220 µL à préparer, dont 13,38 µL d’eau par réaction.
Limites
- L’outil ne valide pas la composition chimique du protocole : il calcule les volumes à partir des valeurs saisies.
- Préparer le mélange sur glace, sans la matrice, puis distribuer.
Références
- Bustin SA, Benes V, Garson JA, et al. The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Clin Chem. 2009;55(4):611-622.
- IUPAC. Compendium of Chemical Terminology (Gold Book) — concentration en quantité de matière, concentration massique, fraction massique, fraction volumique.
Formule vérifiée par rapport aux références ci-dessus le 12 octobre 2026.